Questão:
Quais ferramentas permitem uma comparação rápida da saída NetCDF de modelos de oceano?
ZZZ
2014-04-16 22:39:04 UTC
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Estou escrevendo meus próprios scripts MATLAB para fazer a maior parte da visualização e análise de dados dos resultados do modelo. Eu me pergunto se existe uma maneira mais rápida de comparação visual de resultados de simulação obtidos de diferentes sistemas de modelagem de oceanos. Existe um pacote de software (de preferência gratuito) que funciona diretamente com a saída do modelo NetCDF compatível com CF ( Climate and Forecast Metadata Conventions) ou sempre é necessário algum código?

@bhf ah, obrigado. Parece que talvez seja uma coisa específica da ciência do clima no momento, embora se pudesse se espalhar para outras áreas da ciência do oceano e da atmosfera, só poderia ser uma coisa boa ...
Por favor, não faça perguntas sobre compras / recomendações aqui. Experimente [softwarerecs.se]
Eu discordo sobre este ser um para recomendações de software - a questão abrangente não é tanto "qual software devo usar", mas "Qual é uma maneira rápida e fácil de comparar esses conjuntos de dados oceanográficos". Eu acho que se a questão foi editada para mudar a ênfase como tal, seria claramente válida aqui. Pode * ser um pouco amplo, mas acho que poderia ser corrigido com uma pequena edição - talvez um exemplo do problema a ser resolvido.
Sete respostas:
#1
+19
BHF
2014-04-22 10:33:01 UTC
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Para uma comparação visual rápida, eu usaria o Cube Browser ou ncview junto com uma ferramenta de linha de comando como os Climate Data Operators. Para uma produção rápida de gráficos (e animações) bonitos, o Panoply realmente faz um bom trabalho. Para análises posteriores ou gráficos especiais, continue seguindo sua abordagem e script com coisas como MATLAB, Python (por exemplo, com Iris), IDL, R, ncl ou o que quer que as pessoas ao seu redor estejam usando.

#2
+17
Deditos
2014-04-17 02:55:37 UTC
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Os criadores do netCDF, UNIDATA, mantêm uma lista bastante extensa de softwares de visualização no site netCDF. Ele até menciona um suplemento do Excel, para os masoquistas, presumivelmente.

Ao longo dos anos, descobri que o Ferret é confiável com arquivos compatíveis com CF (e não compatíveis aqueles, por falar nisso) e úteis para olhares rápidos interativos e manipulações simples. Ele entende, por exemplo, o formato de hora UDUNITS recomendado pelo CF e aplicará automaticamente os atributos scale_factor e add_offset às variáveis. Certamente, é mais rápido colocar algo na tela do que a rota do Python / R / Matlab que costumo seguir para gráficos de qualidade de apresentação e publicação.

Se você está atrás de um visualizador mais semelhante a uma GUI, então eu ouvi coisas boas sobre o Panoply, embora deva admitir que nunca o usei.

Obrigado por apontar para a lista de software. Achei o [ncBrowse] (http://www.epic.noaa.gov/java/ncBrowse/) a interface apontar e clicar mais fácil entre as que experimentei.
#3
+12
milancurcic
2014-04-23 08:52:59 UTC
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Eu segundo ncview por dar uma olhada rápida nos arquivos NetCDF.

Eu também recomendo tentar o Visualizador de dados integrado (IDV) da Unidata. É ótimo para sobrepor campos geofísicos em 3-D de fontes diferentes. Além do NetCDF, ele suporta muitos outros formatos. Ele também vem com uma lista pré-carregada de vários repositórios de dados observacionais e de modelo por meio de THREDDS e OpenDAP. O IDV também permite definir funções e operações entre campos em diferentes grades ou projeções. Observe que o IDV não é bom para análises sérias, na minha opinião, mas é mais adequado para explorar conjuntos de dados visualmente.

#4
+11
Matteo De Felice
2014-04-22 12:29:33 UTC
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Normalmente eu uso os seguintes softwares para uma visão rápida dos meus arquivos NetCDF:

  1. NASA Panoply ( Panoply netCDF, HDF e GRIB Data Viewer): baseado em java , muito bom para abrir HDF, NetCDF, GRIBs ...
  2. funções CDO como sombreado, contorno, etc. (muito básico, mas útil na linha de comando)
  3. MATLAB e R com suas funções básicas
#5
+11
ivica
2014-04-23 12:04:40 UTC
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Só para acrescentar o meu ponto de vista;

  1. Usando ncks você pode fazer muitas coisas, ou seja, diferenciar, gerar, extrair alguns vars, dividir na dimensão etc.
  2. Se você quiser fazer algumas operações binárias em os arquivos netcdf consideram ncbo. Para arquivos grandes eu prefiro cortar o que eu quero em primeiro lugar, ele também faz o opendap remoto.
  3. Odeio matlab, então mudei para NCL (NCAR), que é direto e tem muitos scripts já preparados para a maioria dos modelos comuns. Não há necessidade de dizer que está produzindo números de qualidade de publicação;)
  4. Há parte da lib para python (pyNGL), a mesma sintaxe, portanto, quando familiarizado com ncl fácil de usar em python também, suporte para outros formatos como grib, hdf, ...
#6
+6
arkaia
2015-01-27 02:30:16 UTC
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Usando o Matlab, você pode fazer ncgeodataset ( http://code.google.com/p/nctoolbox/wiki/ncgeodataset) para criar uma subamostra do netcdf sem ter que baixar grandes conjuntos de dados.

Por exemplo,

  nc = ncgeodataset ('http://thredds.jpl.nasa.gov/thredds/dodsC/ncml_aggregation/OceanTemperature/ghrsst/aggregate__ghrsst_JPL_OUROCEAN-L4UHfnd -GLOB-G1SST_OI.ncml '); gvar = nc.geovariable ('analysed_sst'); s.time = {'20-May-2012', '24 -May-2012 '}; s.lat = [40 41,5]; s.lon = [0 2,0]; sub = gvar.geosubset (s); % Subset método pcolor (sub.grid.lon, sub.grid.lat, double (squeeze (sub.data (1,:,:))) - 273,15);  
#7
+4
Neo
2014-04-16 22:47:52 UTC
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Embora eu não saiba as especificações da modelagem oceânica, a menos que haja um "padrão" no qual os nós são organizados e escritos (por exemplo, X, Y, Z), sempre haverá a necessidade de codificação. Além disso, a maneira como um arquivo de dados é gravado sempre depende de como as tarefas no modelo são delegadas ao processador: O modelo foi projetado para ser executado em um PC pessoal ou em um cluster Beowulf?

Você pode ser capaz de usar algo como OpenDx, para comparar os resultados da modelagem do oceano, embora eu ainda ache que um script python rápido seria adequado para formatar todos os tipos de dados adequadamente .

Eu acho que o netcdf aspira a ser esse padrão ... mas parece ter aceitação limitada entre os fornecedores de software ainda.
@SimonW, Acho que é o CF que aspira a ser o padrão de metadados para as variáveis ​​das ciências da Terra. NetCDF é mais um formato de contêiner independente de conteúdo.
@defitos não é realmente agnóstico, pois sugere o uso de CF


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